Nota: Este artículo se basa en dos preprints pendientes de revisión por pares. Se actualizará con las versiones que sean publicadas.

Un trabajo de Peyrégne y colaboradores presenta el genoma de alta cobertura obtenido a partir del esmalte del molar Denisova 25, procedente de la cueva de Denisova (Altái, Siberia). El diente perteneció a un individuo masculino adulto de entre 20 y 35 años, que vivió hace unos 200 ka (miles de años) según las dataciones por luminiscencia del sedimento (OSL). El genoma, extraordinariamente conservado, aporta obtener perspectivas muy interesantes sobre la diversidad genética de las poblaciones denisovanas y su interacción con otros linajes humanos.

Los análisis de homocigosidad (Runs of Homozygosity, ROH) indican que el grupo al que pertenecía D25 era muy reducido, de unos 50–60 individuos, comparable al de poblaciones paleolíticas extremadamente aisladas. Su población habría divergido de la que dio origen a Denisova 3 hace en torno a 215–230 ka.

El genoma de D25 contiene una proporción elevada de ADN neandertal, superior a la observada en D3, lo que indica al menos dos episodios principales de hibridación entre neandertales y denisovanos en el Altái: uno temprano, previo a D25, y otro posterior representado por D3. Estos intercambios genéticos parecen haberse producido de manera local, con segmentos de mezcla confinados a regiones específicas del genoma, lo que sugiere una dinámica de desapariciones y reemplazos regionales más que continentales.

El estudio también identifica en D25 segmentos genómicos de gran divergencia filogenética, interpretados como posibles rastros de un linaje “superarcaico”, que habría contribuido material genético tanto a los denisovanos tempranos como, indirectamente, a las poblaciones actuales de Asia y Oceanía. La antigüedad de este linaje no se determina de forma directa, pero la separación entre los linajes humanos modernos y arcaicos se estima en 825–694 ka, y la de neandertales y denisovanos en 585–504 ka, por lo que el linaje donante superarcaico podría haber divergido mucho antes de 700 ka, aunque este valor depende de los modelos demográficos aplicados.

Los resultados muestran la existencia de al menos tres componentes genéticos denisovanos en el ADN de poblaciones humanas actuales:

1. Un linaje septentrional, estrechamente emparentado con D3, que dejó huellas en los genomas de asiáticos orientales, siberianos y americanos nativos.
2. Un linaje más antiguo, relacionado con la primera expansión denisovana hacia el sur de Asia, que contribuyó al acervo genético de pueblos de Oceanía (como papúes y aborígenes australianos), quizá a través de una ruta meridional temprana parcialmente aislada por la barrera natural del Himalaya.
3. Un linaje más reciente del sur de Asia, cuya señal está presente en poblaciones del subcontinente pero no en las del este de Asia, lo que sugiere un episodio de mezcla independiente y posterior.

El trabajo también identifica 38 regiones del genoma humano moderno con señales de introgresión denisovana posiblemente adaptativa, distribuidas de forma desigual entre regiones geográficas. La mayoría aparecen en Oceanía y el sur de Asia, mientras que los rastros en Eurasia y América derivan del linaje septentrional más reciente. Una categoría de enriquecimiento funcional fue estadísticamente significativa en dos genes que participan en la función renal y en la percepción auditiva, pero estas asociaciones no implican necesariamente efectos fenotípicos directos.

Además, se acota en 237.112 las variantes genéticas específicas que distinguen a los denisovanos de neandertales y humanos modernos, de las cuales 1307 modifican aminoácidos en 1142 genes. Varias de ellas afectan a proteínas relacionadas con el desarrollo craneofacial, lo que podría vincularse a ciertos rasgos morfológicos robustos observados en el cráneo denisovano de Harbin. También destaca una intrigante variante regulatoria del gen FOXP2, aunque por ahora no demuestra que existieran diferencias cognitivas o lingüísticas.

Por otra parte, un segundo preprint de Hsieh y colaboradores complementa estos hallazgos mediante el análisis de variantes estructurales en poblaciones de Papúa Nueva Guinea y otras regiones del sudeste asiático. Se trata de un nuevo trabajo que demuestra la proporción sustancialmente mayor de ADN denisovano que conservan los habitantes de Papúa Nueva Guinea en relación con los euroasiáticos. En particular, identifican varias regiones genómicas con probable selección positiva asociada al sistema inmunitario, que refuerzan la idea de que la herencia denisovana fue, en parte, funcionalmente ventajosa en entornos tropicales.