Hasta ahora, era habitual pensar que los neandertales tardíos vivían en poblaciones pequeñas, aisladas y con claros signos de endogamia. Suelo contar esto diciendo que los Homo sapiens con quienes se iban cruzando tan solo les dieron el golpe definitivo a unas poblaciones ya debilitadas demográficamente. Esta idea se apoyaba principalmente en los genomas de varios neandertales de cuevas de los montes Altái (Siberia), como Denisova 5 (120 ka) y Chagyrskaya 8 (~80 ka), complementados por otros individuos como Okladnikov 2 (45-50 ka), Chagyrskaya 84 (~80 ka) y otros con menor cobertura. A ello se suma la hipótesis de la asimilación, según la cual algunos individuos o pequeños grupos terminaron integrándose (también genéticamente) en poblaciones sapiens.

Un nuevo trabajo de Bossoms Mesa y colaboradores matiza la propuesta del deterioro genético. El estudio abarca el ADN de 27 neandertales procedentes de diez yacimientos de Bélgica y Francia de los últimos 52,5 ka, incluyendo GN1 (Goyet), Spy94a, Z4-1514 (Les Cottés), Fond-de-Forêt 1, Trou Magrite 2423-36, entre otros. Por una parte, se han usado nuevas técnicas de descontaminación, extracción, preparación de bibliotecas genéticas y captura selectiva de fragmentos de ADN neandertal. Por otra, se ha secuenciado el quinto genoma neandertal de alta cobertura (es decir, leyendo repetidamente cada posición del ADN para minimizar errores) publicado hasta la fecha, tras los genomas de Denisova 5 (Siberia, Rusia), Vindija 33.19 (Croacia), Chagyrskaya 8 (Siberia, Rusia) y Mezmaiskaya 1 (Cáucaso, Rusia).

Uno de los indicadores genéticos más informativos se ha basado en los llamados tramos de homocigosidad o ROH (Runs of Homozygosity). Cada persona hereda una copia de cada cromosoma del padre y otra de la madre. Cuando ambos progenitores son familiares cercanos, es mucho más probable que transmitan exactamente las mismas variantes genéticas heredadas de un antepasado común. El resultado son largas regiones continuas del genoma en las que ambas copias son idénticas. Cuanto más largos y numerosos son esos tramos, más reciente e intensa ha sido la consanguinidad. Esos largos ROH en los neandertales asiáticos son los que principalmente habían conducido a la interpretación de la endogamia. Sin embargo, los neandertales tardíos del noroeste europeo no presentan apenas esos largos tramos, lo que implica que no constituían grupos pequeños aislados ni una población uniforme genéticamente, sino una metapoblación regional formada por comunidades conectadas mediante flujo génico, dentro de la cual persistieron distintos linajes durante decenas de miles de años. Estas comunidades estaban más emparentadas entre sí que con otros neandertales contemporáneos de Europa.