En septiembre de 2015, coincidiendo con la amplia difusión de Homo naledi, se publicó otro estudio no menos importante: los primeros resultados de la secuencia parcial del ADN nuclear de los homininos de la Sima de los Huesos (SH), datados en 430 ka (miles de años), a partir de muestras de dos individuos: dos dientes, un fémur y un fragmento de escápula. Hoy mismo se publica (Meyer et al., 2016) la confirmación de estos resultados, que resumo a continuación:
1) El estudio demuestra una clara relación de los homininos de la Sima de los Huesos con los neandertales, tal como anticipaba su morfología. Esto sugiere dos escenarios posibles:
- Son preneandertales o están relacionados con ellos. Su camino evolutivo condujo a los “neandertales clásicos”.
- Pertenecen de hecho a la especie Homo neanderthalensis. Serían así los neandertales más antiguos conocidos.
2) Los resultados difieren del estudio del ADN mitocondrial realizado en 2013, que mostraba una relación fuerte de los homininos de la Sima con los denisovanos y no tanto con los neandertales. Matthias Meyer, coautor del trabajo, opina que esto fue motivado por distintas introgresiones de otros linajes de mtDNA. Esto indica a su vez dos escenarios posibles:
- Mestizaje entre poblaciones antepasadas de los denisovanos y de SH.
- Un antepasado común de neandertales, denisovanos y la población de SH.



